傅山，字青主，山西太原人，19岁时成家，夫妻举案齐眉、琴瑟和鸣，非常恩爱。

儿子傅眉三岁时一场血崩夺走爱妻，傅青主悲痛欲绝誓不再娶，暗下决心研修女科。由于投师无门，傅青主参加了提学袁继咸举办的考试，以第一名的成绩引起袁继咸的注意。此后，傅青主踏入青山书院，备受恩师赏识。

袁继咸遭人恶意诬陷，皇帝命人将其押解到京受审。傅青主与众学子一路跟随囚车进京伏阙鸣冤，直至成功方才罢休。

父亲、好友、兄长先后离世再次唤起他学医的热情。但此时，江山易主大明王朝倾覆，朝廷正四处寻觅人才，不爱功名的傅青主将母亲和儿子转移到好友孙颖韩家，跟随五峰山的还阳真人修道学医。

傅青主替孙颖韩的妻女医好妇科顽疾，孙颖韩将方子给了邻居，邻居又给了亲戚，方子在方圆数十里内广为流传，很多村妇用此方治好困扰多年的妇科病，从此傅青主声名远播，前来问诊者络绎不绝。

傅青主开始教儿子傅眉学医，立下三个规矩：一、病人不分贵贱一视同仁；二、没有恩人仇人之分，来的都是病人；三、将救死扶伤作为天职，拒收诊金。

一日路过一个村庄时，见一位衣衫褴褛的村妇在门外低声抽泣，询问后得知丈夫在外生死未卜，儿子病重无钱医治，傅青主免费问诊后，又送村妇一幅签名字做药资。

1645年7月，老同学薛宗周请求傅青主帮他想办法将被富豪相中有意纳为小妾的意中人月娥从青楼里解救出来。

傅青主将几味药研制成粉托人给月娥服下后，造成服毒自尽的假象。随后，让人假扮亲戚接走月娥的“尸体”。

朝廷四处寻找隐匿的贤良名士，无意涉足仕途的傅青主决定外出避一避。在苍山时偶遇买走他写给穷困妇人题字作药资的买主魏一鳌，二人一见如故相谈甚欢。

1645年冬天，恩师袁继咸在九江被清兵俘虏，傅青主当即变卖字画再赴京城。由于袁继咸誓不归顺大清，最终被判死刑，傅青主悲痛欲绝，带着他的遗稿离京重回盂县。

1648年，不喜欢应酬的傅青主再次搬入深山，整理对女科病的诊治经验。秋天时节，英妹再次造访，动员他加入抗清队伍，想起恩师被杀，傅青主答应与她南北会合。

1649年，反清起义的烽火在山西各地熊熊燃起，这场起义北自大同，南至蒲州，东至五台，西则波及陕西榆林乃至甘肃。起义发起者有农民，也有暂时降清的原明朝将领，这一次的起义声势浩荡，惊动了多尔衮和鳌拜等人。

而傅青主的好友薛宗周等人也即将开始实施他们的起义计划。1649年2月，薛宗周、王如金约傅青主秘密聚会。

最终，薛宗周、王如金临时改变主意，觉得傅青主应该活着让中医发扬光大，撇下傅青主英勇赴死。傅青主悲痛万状，挥泪为二人写传。

村民和太原知府边大人的副将张彪同时来请傅青主。得知农民的妻子患的是急诊，不顾张彪拔刀相胁，先去给农民诊治后才去了边府。医好边夫人后又塞给张彪一张方子，让他煎熬备用，张彪怕是毒药随手将方子扔掉，妻子照放抓药并煎了一碗备用，结果那副药当真救他一命。

南明密使宋谦听闻傅青主名声很盛深得人心，来找傅青主准备联络各地的反清力量组织一场大起义。

1653年10月13日，魏一鳌前来为父求医，交谈时，宋谦派人约见傅青主。为避免将魏一鳌牵扯进来，傅青主声称自己不认识此人。送走魏一鳌后，傅青主再去追赶时，宋谦派来的人早已杳无踪影。

1654年，得知宋谦组织的反清大起义将在三天后举行，傅青主收拾行装准备奔赴起义地点，即将上路时却传来宋谦被捕的消息。宋谦熬不住酷刑将傅青主招供，5月中旬，傅青主被关押在太原监狱。

在狱中，一位狱卒对他分外关照，此人是自己题字做药资的村妇的丈夫。在此人关照下，傅青主写下一直没时间完成的《太原三先生传》，最终，傅青主在魏一鳌的证词下化险为夷。

此事一过，魏一鳌辞官，傅青主为儿子和侄子操办婚事后，来到多福寺旁边构筑的小庵，过起了隐居的生活。1660年2月，傅青主回到西村，顺利完成《女科》初稿，母亲得知后含笑而终。

数月后，《女科》《男科》《大小诸症方论》《青囊秘诀》等数部医书完稿。为确保万无一失，他让侄子和儿子各抄一份。

1673年，傅青主将《女科》《男科》和《大小诸症方论》的医稿分别交给好友戴廷栻和顾炎武保存，嘱托他们等自己死后再刊发，但一件事改变了他的计划。

1678年，康熙派人请傅青主进京，百般推诿无效后，无奈上路，途中在小旅馆里落脚时遇到一个无德无能的庸医。傅青主思虑颇多：再不刊发医稿，还会有人死在这些庸医手里，他决定将书稿尽快刊行。但由于自己拒绝过康熙，生怕医稿遭到焚烧，最终，他选择以“陈士铎”的名义发表医稿。

1683年，傅眉在出诊途中遭遇暴雨高烧不退不久离世，傅青主极度自责，自己关注天下患者却从未关注儿子的健康，在1684年7月23日，傅青主将医稿的初稿交给孙儿，嘱咐他学医之前先学做人，随后，穿上道袍永远地闭上了眼睛。